Az emigrációban is aktívan politizált, Strasbourgban a Magyar Forradalmi Tanács egyik szervezője volt, New Yorkban pedig másokkal közösen létrehozta a Kossuth Alapítványt. emellett közgazdaságtanból doktorált, majd Indianapolisban tanított egyetemi professzorként. Az infláció, a munkanélküliség, az agrárszféra és a növekedés témakörét kutatta.
1997-ben költözött vissza Magyarországra, a Budapesti Közgazdaság-tudományi Egyetem vendégprofesszoraként tanított, a Budahegyvidéki Református Egyházközség tagja lett. 1998 és 2014 között ismét országgyűlési képviselőnek választották, ezúttal fideszesként. Tagja lett a költségvetési és pénzügyi (korábban gazdasági) bizottságnak, majd a külügyi (és határon túli magyarok) bizottságnak, 2003 és 2014 között az Országgyűlés korelnöke volt.
Horváth János tanúja volt a 20. század megannyi rettenetének, nem lehetett egyszerű számára a hazatérés a '90-es években. Azonban itthon sem a „puszta szemlélő" vagy a „finnyás jajongó" szerepét vette fel. „Hazahozta tudásának legjavát és a régiek emlékét", újjáépítő, megújító munkájával hivatásszerűen szolgálta a hazát – méltatta őt Bogárdi Szabó István református püspök 2018 áprilisában, életrajzi kötetei megjelenésekor.
Horváth Jánost 2006-ban a Magyar Köztársasági Érdemrend tiszti keresztjével tüntették ki. 2007-ben megkapta az amerikai Truman-Reagan Szabadság Emlékérmét, majd 2011-ben az Amerikai Magyar Koalíció kitüntetését a magyar-amerikai kapcsolatok előmozdításában játszott kiemelkedő tevékenységéért. 2011-ben a Magyar Köztársasági Érdemrend nagykeresztjével tüntették ki az amerikai magyar emigrációban végzett tevékenysége, közéleti szerepvállalása, példaértékű életútja elismeréseként. 2013-ban Radnóti Miklós antirasszista díjat, 2014-ben Bajcsy-Zsilinszky-emlékplakettet és Mindszenty-emlékérmet kapott.
„Én nem kerestem sohasem a közéletet, csak láttam, meghallgattam és mondtam dolgokat. Az emberek hívtak, s mivel szükség volt rám, én mentem" - emlékezett vissza gazdag életútjára tavaly Horváth János. Az akkor 97 éves politikus úgy összegezte hitvallását: mindig is ahhoz szeretett volna hozzájárulni, hogy a magyar nemzetnek olyan országgyűlése legyen, amit lehet szeretni. Ehhez pedig szerinte valódi párbeszédre van szükség, valamint hogy „merjünk önmagunkkal szembenézni, egymást pedig tisztelni".
Horváth Jánost az Országgyűlés és a Fidesz-frakció saját halottjának tekinti. December 19-én, csütörtökön 11 órakor a cecei református temetőben vesznek tőle végső búcsút. A koszorúra szánt összeggel a család kérésére a Böjte Csaba vezette Dévai Szent Ferenc Alapítványt lehet támogatni.
MTI – reformatus.hu, fotó: Vargosz