Hat évvel később Méliusz halálának 300. évfordulója alkalmából rendezett ünnepségre Balogh Ferenc nemcsak megemlékező beszéddel, hanem saját költeménnyel is készült:
„...Nagyhosszú három század alatt magyar!
Őr szellemid közt Mélius is virraszt,
Könnyet törölve, szívét edzveAdja tanácsul a nemzedéknek:
Ha élni kívánsz a jobb napokért esengsz
Higyj annak aki életet áldozott
Érted kereszten s e nagy igét
Hirdeti „hit, szeretet, reménység".
Égő szívében forrjon a hit heve;
Tetteknek útján a szeretet vezér-
Fényét kövesd; s üdv partra érend
Üdvezítődbe vetett reményed."
A kollégiumi hitélet erősítése érdekében 1869-ben megszervezte a Hittanszék Önképző Társulatát. Írásai számos magyar egyházi és világi hetilapban és folyóiratokban jelentek meg, de ezenkívül több francia és angol nyelvű sajtótermékben is hírt adott a magyar protestantizmus életéről. A XIX. század nagy tudományos ismeretterjesztő kiadványa a Pallas Nagylexikon számára több egyháztörténeti szócikket írt. Balogh Ferenc egy évig a Debreceni Református Kollégium dékáni tisztét töltötte be.
A magyar protestantizmus számára kiemelkedő jelentőségű alkalmon ünnepi beszéd elmondását vállalta, többek között 1895-ben Debrecenben a gályarab-emlékoszlop felavatásán, valamint 1907-ben Hajdúböszörményben a Magyar Protestáns Irodalmi Társaság Bocskai-megemlékezésén, amelyet "Bocskai Istvánról, vallásszabadságunk hőséről" címmel tartott. Kálvin János születésének 400. és a genfi egyetem alapításának 350. évfordulóján 1909-ben, az ottani egyetem díszdoktorának választotta.
Balogh Ferenc életműve nemcsak mint pedagógus fontos a Debreceni Református Kollégium történetében, hanem mint az intézmény történetének „monográfusa" is alapvető munkákkal tette az iskola történetét jobban kutathatóvá. Utolsó éveit betegségei megnehezítették.
1913. október 8-án bekövetkezett halálával a magyar egyháztörténet-írás első nagy korszaka zárult le, az utána következő egyháztörténész professzorok, Pokoly József (1866-1933), majd Révész Imre (1889-1967) számos tanulmánnyal és monográfiával folytatták Balogh Ferenc munkásságát.
Balogh Ferenc élete a XX. században hosszú évtizedekig kevéssé volt ismeret a magyar reformátusok számára. Ötvös László református lelkipásztor, egyháztörténész 1997-ben kiadott „Balogh Ferenc életműve (1836-1913)" című könyvével lehetőséget teremtett a kiemelkedő református tudós munkásságának megismerésére.
Millsits Máté